Нашли некое решение, писать и стирать будет по блочно, с проверкой различий - более безопасно.
Алгоритм таков, считал пакет данных, сравнил с тем что пытаются записать - если есть разница, стирает блок и записывает новый пакет данных. Если разницы нет, оставляет.
Все железные и компьютерные вопросы на ваш страх и риск, естественно! Вообще вас там не понял, судя по описанию у вас не исправен опен порт и проблемы при работе не только с MMCFLASH, так при чем тут мы?
А пробовать нужно всегда, не сразу же вы после неудачной попытке записи снимаете ЭБУ и препарируете на столе ? Так чему такие детские вопросы? Все зависит от конкретной ситуации.